異質性是惡性腫瘤等疾病的重要特征杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来OG视讯·(中国区)官方网站，是精准醫學需破解的難題熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」。疾病異質性可表現爲不同的病理類型以及不同的基因突變譜、轉錄組表達譜和蛋白質組表達譜等熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站U8国际·[中国区]有限公司官网，是惡性腫瘤等疾病發生發展領域長期關注的科學問題人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网。

異質性的存在使得對疾病進行分型成爲精確醫學的關鍵步驟人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网OG视讯·(中国区)官方网站kg体育(中国区)-体育官方网站入口。疾病分型的傳統方法基于形態學特征kg体育(中国区)-体育官方网站入口熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网，依賴對病理切片的觀察與分析标题。隨著分子檢測技術的不斷成熟OG视讯·(中国区)官方网站，基于分子特征的疾病分型方法受到廣泛關注人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户。二十世紀末美國國立癌症研究所首次提出了腫瘤分子分型的概念人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网。研究人員利用組學技術深入剖析疾病分子水平的異質性熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站，從而指導疾病的精准診斷與治療标题。

目前基因分型已实现临床转化U8国际·[中国区]有限公司官网，然而尚无真正意义的基因治疗药物人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」vsport-(中国区)官方网站，且基于基因检测的靶向治疗药物的受益人群占比极低U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」vsport-(中国区)官方网站杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来。2021年发表于Cell 期刊的观点文章^[1]指出了在精准腫瘤學領域基因組學的局限性與蛋白質組學的重要作用U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」U8国际·[中国区]有限公司官网人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网。相較而言OG视讯·(中国区)官方网站人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网，蛋白質組學更接近表型杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站，且基于蛋白質組學的靶向治療能夠實現精准施策杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」。

利用蛋白質組數據將疾病樣本劃分多個亞型人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，剖析不同亞型蛋白質水平的異質性U8国际·[中国区]有限公司官网熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网，有助于理解疾病的發生機制kg体育(中国区)-体育官方网站入口，從而指導針對不同亞型的精准治療人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网vsport-(中国区)官方网站。下面就讓我們一起來看看基于蛋白質組學的疾病分子分型研究是如何實現的吧~

基于蛋白質組學的疾病分子分型研究總覽^[2]

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收集合適的樣本對于基于蛋白質組學的疾病分子分型研究的科學性至關重要vsport-(中国区)官方网站，文章中常見的樣本爲臨床組織樣本或體液樣本kg体育(中国区)-体育官方网站入口标题杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来。

臨床組織樣本是疾病分子分型研究中樣本收集的經典選擇标题kg体育(中国区)-体育官方网站入口。這種樣本選擇策略能夠更好地保證生物學意義标题熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站，爲相應疾病提供寶貴的數據資源人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网kg体育(中国区)-体育官方网站入口标题，獲得更准確的分子分型結果标题kg体育(中国区)-体育官方网站入口。2024年發表于Cell 期刊的文章[2]以小細胞肺癌爲研究對象杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站OG视讯·(中国区)官方网站，收集了來自臨床隊列的腫瘤組織和配對癌旁組織U8国际·[中国区]有限公司官网标题，基于組學數據將小細胞肺癌分爲四個亞型熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站，系統表征各亞型獨特的分子特征並提出潛在治療策略标题vsport-(中国区)官方网站。

临床体液样本也可作为疾病分子分型研究中的样本选择OG视讯·(中国区)官方网站。2023年发表于Arthritis Rheumatol期刊的文章[3]以白塞病为研究对象U8国际·[中国区]有限公司官网，收集了来自临床队列的血浆样本标题杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户，基于组学数据将白塞病分为三个亚型vsport-(中国区)官方网站杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来OG视讯·(中国区)官方网站，推动了个体化治疗策略建立乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站。

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作爲國內領先的蛋白質組學平台杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来，青蓮百奧針對疾病分子分型研究開發了完整解決方案人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户，下面就來看看基于蛋白質組學數據的疾病分子分型解決方案是怎麽實現的吧~

數據預處理

數據分析前需要對數據進行標准化處理U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，對數據依次進行樣本剔除、蛋白剔以及缺失值填補U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，處理方法和標准如下：

• 樣本剔除：剔除鑒定到的蛋白個數小于100個的樣本kg体育(中国区)-体育官方网站入口OG视讯·(中国区)官方网站杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来。

• 蛋白剔除：剔除在50%的樣本中存在缺失值的蛋白杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来标题OG视讯·(中国区)官方网站。

• 缺失值填補：缺失值采用全局最小值進行填補OG视讯·(中国区)官方网站kg体育(中国区)-体育官方网站入口vsport-(中国区)官方网站。

特征選擇

預處理後的蛋白表達矩陣乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户OG视讯·(中国区)官方网站vsport-(中国区)官方网站，首先進行分型分子特征篩選vsport-(中国区)官方网站U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」。常見的特征篩選指標包括基于變異系數（CV）、絕對中位差（MAD）、標准差（SD）人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户，篩選在不同樣本間存在差異的特征kg体育(中国区)-体育官方网站入口标题。

分子分型

蛋白表达矩阵筛选分子特征后杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来，采用非负矩阵分解（Non-Negative Matrix Factorization熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站，NMF）算法进行分子分型熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站。NMF是一种无监督学习技术OG视讯·(中国区)官方网站杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来，相较于传统层次聚类更准确熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站U8国际·[中国区]有限公司官网乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户。通过NMF聚类U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，可以发现差异蛋白矩阵中存在的亚组结构熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站，并了解不同亚组之间的差异杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来。

Cophenetic值是一種衡量聚類質量的指標U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站，用于評估聚類算法産生的聚類結果與原始數據之間的相似程度OG视讯·(中国区)官方网站kg体育(中国区)-体育官方网站入口熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站，顯示了聚類的擬合優度U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」OG视讯·(中国区)官方网站。

• 分子分型結果熱圖：根據Cophenetic值判斷最佳聚類個數KU8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」标题，選取Cophenetic值變化的最大變動的前點爲最佳聚類個數vsport-(中国区)官方网站，繪制聚類熱圖U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」kg体育(中国区)-体育官方网站入口，並計算輪廓（Silhouette）系數來評估聚類的好壞标题。

• 分子分型結果評估：Silhouette准則是一種用于聚類分析中的評價方法vsport-(中国区)官方网站杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来。Silhouette系數的取值範圍在–1到1之間熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站标题乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户，其中負值表示數據點更容易被分類到錯誤的簇中标题U8国际·[中国区]有限公司官网kg体育(中国区)-体育官方网站入口，而正值則表示數據點更容易被正確分類OG视讯·(中国区)官方网站熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户。因此vsport-(中国区)官方网站人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，Silhouette准則的目標是最大化Silhouette系數的平均值U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，從而找到最佳的聚類數量熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来。

亞型分子特征

得到分子分型結果後U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户，通過整合分型結果與臨床指標的關聯标题vsport-(中国区)官方网站U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，實現對分子分型結果進行臨床解釋U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网U8国际·[中国区]有限公司官网。通過分析亞型特征和功能分析U8国际·[中国区]有限公司官网OG视讯·(中国区)官方网站kg体育(中国区)-体育官方网站入口，可以實現針對不同亞型的精准化治療方案制定U8国际·[中国区]有限公司官网标题杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来。

• 亚型差异蛋白热图：根据分型结果筛选各亚型间具有显著差异表达的蛋白（筛选条件：Mann Whitney U-test P-value<0.05且 |Log2(Fold-Change)| >1）U8国际·[中国区]有限公司官网vsport-(中国区)官方网站，联合临床指标绘制热图杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来kg体育(中国区)-体育官方网站入口。

• 亞型差異蛋白富集分析：對不同亞型間具有顯著差異表達的蛋白進行KEGG富集分析熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站标题乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户，探究不同亞型的分子功能熊猫体育「中国Panda」App下载官方网站人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网。

• 亞型預後分析：若有臨床預後信息杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来，則可根據分子分型結果U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」标题人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网，進行Log-rank檢驗乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户kg体育(中国区)-体育官方网站入口，繪制生存曲線kg体育(中国区)-体育官方网站入口U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」vsport-(中国区)官方网站，比較組間生存差異OG视讯·(中国区)官方网站。

• 臨床信息與亞型關聯的預後分析：根據分子分型結果以及臨床信息U8国际·[中国区]有限公司官网vsport-(中国区)官方网站杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来，進行多因素Cox回歸分析OG视讯·(中国区)官方网站，並以森林圖的形式進行可視化U8国际·[中国区]有限公司官网U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网。

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